Peuplé de fort bonne heure, le site de Saint-Pons de Thomières connut une civilisation « saintponienne » dès la fin du néolithique (voir au Musée de Préhistoire Régionale).
Puis les hommes quittèrent les grottes pour s'établir près de la source du Jaur et fondèrent Thomières sur la rive droite.
Les romains, les barbares, wisigoths et sarrasins envahirent à leur tour la cité. En 936, Raymond Pons, Comte de Toulouse, installa une abbaye bénédictine sur l'autre rive du Jaur et une cité se forma autour de l'abbaye. Saint-Pons était née !