On ne peut dissocier Agen de ses voies d'eau, artificielles ou naturelles. Le Canal des Deux Mers, long de 193 kilomètres entre Toulouse et Castets en Dorthe, fut percé au XIXe siècle. Il prolonge le Canal du Midi reliant la mer Méditerranée à l'océan Atlantique. La Garonne, simple torrent de montagne, prenant sa source dans les Pyrénées Espagnoles, se transforme en fleuve dans la plaine. Longue de presque 600 kilomètres, elle traverse de grandes villes comme Toulouse et Bordeaux avant de se jeter dans l'océan Atlantique. Ces axes de communication servaient autrefois à la navigation commerciale. Les imposantes péniches transportant céréales et essence ont laissé place aujourd'hui aux pénichettes de location (sur le Canal). C'est grâce à ce tourisme fluvial que le trafic connaît un renouveau permettant aux visiteurs de profiter en toute quiétude d'une promenade au calme et au frais tout en restant proche du centre ville.